Im Herbst 1859 lernen sich die beiden Pastorensöhne Paul Deussen und Friedrich Nietzsche in Schulpforta kennen. Gemeinsam beginnen sie 1864 ihr Studium in Bonn. Nietzsche scheint sich schon früh dem Schulfreund überlegen gefühlt zu haben, jedenfalls legt das der unangenehm schulmeisterlich und anmaßende Ton seiner Briefe an Paul Deussen nahe. Als Nietzsche Bonn nach einem Jahr in Richtung Leipzig verläßt, folgt ihm der Freund nicht.

Über die zwiespältigen Gefühle anlässlich dieser Trennung schreibt Paul Deussen rückblickend: "Als ich eines Abends im August 1865 Nietzsche zum Nachtdampfer geleitete, auf dem er seine Abreise antrat, da beschlich mich ein schmerzliches Gefühl der Vereinsamung. Daneben aber atmete ich erleichtert auf, wie einer, von dem schwerer Druck genommen wird. Nietzsches Persönlichkeit hatte in den sechs Jahren unseres Zusammenlebens einen mächtigen Eindruck geübt. Er hatte meiner Lage stets aufrichtiges Interesse gewidmet, zeigte aber eine Neigung, mich überall zu korrigieren, zu hofmeistern und gelegentlich recht zu quälen, wie sich dies bei unserem weitern brieflichen Verkehr vielleicht deutlicher herausstellte."

Besonders Deussen scheint örtliche Distanz zu seinem dominanten Freund nun vorzuziehen, um eine eigene geistige Entwicklung überhaupt zu ermöglichen. So studiert er nach Bonn in Tübingen und Berlin Theologie, Philologie und Philosophie, aber auch Sanskrit. 1869 promoviert er in Marburg noch mit dem altphilologischen Thema 'De Platone Sophista'. In dieses Jahr fällt auch ein für das Verhältnis insgesamt bezeichnendes Zerwürfnis mit Nietzsche.

Nachdem Nietzsche unvermittelt, noch ohne ordentliche Promotion, zum Professor in Basel ernannt worden war, scheint Deussen nicht nur mit ungetrübter Freude, sondern auch unbewusst mit Gefühlen des Neides und der Skepsis in seinem Glückwunschbrief reagiert zu haben - jedenfalls interpretiert Nietzsche das so. Mit unbarmherziger Schroffheit schreibt er an Deussen im Februar 1869: "Werter Freund, wenn nicht etwa zufällige Störungen des Kopfes Deinen letzten Brief verschuldet haben, so muß ich bitten, unsere Beziehung hiermit als abgeschlossen zu betrachten." Kurze Zeit später versöhnt er sich jedoch nach der sofortigen Entschuldigung Paul Deussens wieder mit ihm.

Die Basis der Freundschaft bleibt aber zuletzt hauptsächlich die Erinnerung an die Schulzeit in Pforta und die gemeinsame Begeisterung für Schopenhauer. Deussen wurde von Nietzsche gleichsam zu Schopenhauer bekehrt. Wie tief diese Liebe zur Philosophie Schopenhauers ging, dies zeigt sich bei Deussen, wenn er nach Nietzsches Tod nicht nur 1911 zum Herausgeber der Werke Arthur Schopenhauers, sondern auch 1912 zum Gründer einer Schopenhauer-Gesellschaft wird.

Paul Deussen, dem von Nietzsche 1872 noch eine Hauslehrerstelle vermittelt worden war, habilitierte sich 1881 über das System der Vedanta, wurde 1887 zunächst in Berlin und schließlich in Kiel Professor für Philosophie. Persönlich trafen sich die beiden Freunde nur noch selten. Ergreifend ist Deussens Bericht über sein letztes Treffen mit Nietzsche in Sils Maria, bevor dieser seinen geistigen Tod starb. Im September 1887 besucht Deussen mit seiner Frau Nietzsche im Oberengadin.: "Nachmittags brachen wir auf, und Nietzsche gab uns das Geleite bis zum nächsten Dorfe, eine Stunde thalabwärts. Hier sprach er nochmals die düstren Ahnungen aus, welche sich leider so bald erfüllen sollten. Als wir Abschied nahmen, standen ihm Thränen in den Augen, was ich früher nie an ihm gesehen hatte. Ich sollte ihn nicht mehr mit klarem Bewusstsein wiedersehen." Seinen kranken und stets wohl auch bewunderten Freund wird Deussen wiederholt in Naumburg besuchen. 1894, anlässlich Nietzsches 50.Geburtstages, kommt es zur letzten Begegnung: "Zuletzt sah ich ihn an seinem fünfzigsten Geburtstage am 15. Oktober 1894. Ich erschien in der Frühe, da ich bald nachher abreisen mußte. Seine Mutter führte ihn herein, ich wünschte ihm Glück, erzählte ihm, daß er heute fünfzig Jahre alt werde, und überreichte ihm einen Blumenstrauß. Von alle dem verstand er nichts. Nur die Blumen schienen einen Augenblick seine Teilnahme zu erregen, dann lagen auch sie unbeachtet da."